Elysion Bu yazdığınız iki komut da geliştirme ortamında kullanılan komutlar. Sunucuda uygulamayı Apache servis edecek, sunucuda da dediğiniz gibi her güncellemeden sonra npm run build çalıştıracaksınız.
Subdomain oluştururken sizden document root belirlemenizi ister. Bu document root kesinlikle public_html içinde bir klasör olmayacak, /home/myuser/mysubdomain/public gibi olacak. Uygulamanızı da /home/myuser/mysubdomain/ içine yükleyeceksiniz. Kesinlikle FTP kullanmayın (FTP uygulamasını silin hatta ya da disabled yapın), GIT ile klon alın. Klon almadan önce de umask 022 komutunu çalıştırarak dosya ve klasör izinlerinin düzgün oluşturmasını sağlayın (yapmazsanız GIT'in belirlediği şekilde oluşur o da sizin yapıya uymaz diye tahmin ediyorum.). Yani özetlemek gerekirse, önce /home/myuser/mysubdomain içinde public vs dosya klasör ne varsa silin, boş olsun, sonra:
myuser@server $ cd /home/myuser/mysubdomain
mysubdomain $ umask 022
mysubdomain $ git clone git@github.com:username/myrepo.git .
mysubdomain $ composer install
mysubdomain $ php artisan storage:link
mysubdomain $ php artisan migrate
...
mysubdomain $ npm install
mysubdomain $ npm run build