Dosya içeriklerindeki metinleri ayrıştırıp veritabanına yazın ve aramayı burada yapın.

Tek başına strip_tags işinizi görür.

Onun dışında veritabanı ile yapmak istemiyorsanız;

• dosya aç
• içerikte ara
• dosya kapat

şeklinde arama yaptırmanız gerekecek.

Dokümantasyyon dediğinize göre dosya uzantısının md (markdown) olduğunu varsayıyorum:

$directory = '/arama/yapilacak/dizin/';

$dir = opendir($directory);
$text = 'Örnek metin';

while (false !== ($file = readdir($dir))) {
    if (pathinfo($file, PATHINFO_EXTENSION) === 'md') {
        $content = file_get_contents($directory . $file);

        if (strpos($content, $text) !== false) {
            echo "Aradığınız {$text} metni şu dosyada bulundu: {$file}\n";
        }
    }
}

closedir($dir);