muharremozdemir Domain kullanıcısı dediğiniz şu cPanel gibi panellerin hesap için oluşturduğu kullanıcı ise evet, tüm işlemleri onunla yapmalısınız. root sistem kullanıcısıdır, onunla işletim sistemine program yüklersiniz, işletim sistemine paket kurarsınız, işletim sistemini güncellersiniz vs. Gidip onunla composer install, npm install, php artisan vs komutları çalıştırmazsınız, yoksa web sunucusu ve php oluşan dosya ve klasörlere yetkisi olmadığı için erişemez. En önemlisi de güvenlik zaafiyetine yol açar. Genelde kullanıcı grubu olur, web sunucusu bu grupta yer alır ve dosya/klasör sahipliliği gruba atanır. Böylece o gruptaki tüm kullanıcılar erişim hakkı kazanır. Ayrıca projenizle ilgili işlemlerde sudo kullanıyorsanız büyük ihtimalle yine yanlış yapıyorsunuz demektir.
Ayrıca normal kullanıcı ile SSH bağlantısı kurunca ilk önce umask 022 çalıştırın, böylece yaptığınız işlemler sonucuda yeni oluşacak dosya ve klasörler doğru okuma yazma izinleri ile oluşur. Mesela git clone kullanmadan önce umask 022 yapmalısınız yoksa GIT tarafından belirlenen izinler kullanılır, patlar.
