Composer ile yüklediğiniz paket vendor altında bulunuyor ve bu dosyaların değiştirilmemesi gerekir. Günün sonunda deploy ederken veya git e push atılırken vendor dosyası gitmez/gitmemeli.
Sunucu da pull çekildikten sonra composer install komutu çalışır/çalıştırılmalı.
Bundan dolayı PhpStorm vendor içinde bir değişiklik yapmak istediğinizde uyarı verir fakat engellemez yine de değiştirebilirsiniz. Günün sonunda bunu yapmamanızı tavsiye ederim.
Eğer güncellenecek dosya arayüz veya ayarlarla ilgili dosyalar ise asset leri publish ederek (eğer paket destekliyorsa) oradan güncelleyebilirsiniz. Eğer somut sınıflar ise bunları extends edebiliyorsanız bu da bir çözüm olabilir.