GruntJS ile bunu yapabilirsin.
https://github.com/gruntjs/grunt-contrib-clean
Çoğu zaman ben kaldırmıyorum ama zararsız şeyleri. (.gitignore ve readme gibi dosyalar) storage içini temizliyorum sadece, gerisi zaten geliştirme esnasında otomatik yapılıyor. (grunt-contrib-watch ile)