FATHKO Query Builder sadece yazılımsal olarak sorgu yazmak için; Eloquent ise ORM, model ile ilgili işlemler yapmak için. O da sorgu için arkada Query Builder kullanır.
FATHKO aralarındaki farkları türkçe bır kaynak bulamadım
Bence Türkçe kaynak aramak yerine İngilizce öğrenmeye çalışın.