sineld yazdıUser adında bir Controller'ınız varsa bu User model ile karışabilecektir.
Geleneksel olarak Contoller'lara UserController isminin verilmesi kısmen bu sebepledir.
Bazen görüyorum bunu engellemek için Controller'ları Site\Controller gibi bir namespace'e dahil ediyorlar, Site\Controller\User şeklinde. Ben UserController şeklindeki kullanımın daha kolay olduğunu düşünüyorum.