siradaninsan root kullanıcısı sistemin yöneticisidir, onunla sadece sistem işlemleri yapılır. Bir de normal kullanıcı olur, sizin tanımladığınız bir kullanıcı ve mesela Apache kullanıyorsanız www-data kullanıcı grubu olur, bu normal kullanıcı da o grubun üyesi olmalıdır. Böylece PHP tarafından bir klasör oluşturuldu mu www-data grubunda olan kullanıcılar da (özellikle ACL ile belirtilmemiş ise) bu klasöre erişebilir. Root ile oluşturulan klasörlerlere bu kullanıcılar erişemez.
Eğer bir VPS kullanıyorsanız ve tüm işlemleri root ile yaptıysanız yanlış yaptınız demektir. Önce bir kullanıcı oluşturmanız ve root yetkisi istemeyen işlemleri onunla yapmanız gerekiyordu. Tabi sunucu Plesk kurulu geldiyse orada işler farklı olabilir, bunun için hosting firmasından yardım isteyebilirsiniz ya da Plesk dokümanlarına bakabilirsiniz.
Plesk gibi bir panel kullanıyorsanız eklediğiniz domain için bir hesap oluşturmuş olmanız lazım, o hesabın da kullanıcısı olur, o kullanıcı ile SSH ile giriş yapıp işlemleri yapmanız lazım. Root ile girip başka kullanıcıların erişimi olan yerlerde işlem yaparsanız o kullanıcıların erişemeyeceği dosya ve klasör oluşturup erişim problemleri yaşayabilirsiniz. Tabi teorik konuşuyorum, 8-9 senedir Plesk kullanmadım sanırım, hatırlamıyorum.
siradaninsan klasörün izinlerinde ve sahipliğinde problem göremedim
Yani app, bootstrap, public vs klasörlerinin sahipliliği ve izinleri ne ise storage klasörünün izni de o diye anlıyorum. Hepsi aynı grubun altında ise klasörler genellikle 755/775; dosyalar ise 644/664 olur.
Ayrıca Apache kullanıyorsanız .htaccess dosyanıza Options +FollowSymlinks eklemeniz gerekebilir.
Aklıma gelenler bunlar, olmadı hosting firmanızdan yardım isteyin.