775 de işe yaramadıysa, xx7 de veremeyeceğinize göre sahiplilik ile ilgili bir sorun olabilir. Üstte paylaştığınız listede gördüm, root kullanıcısı ile işlem yapmışsınız. Ayrı bir kullanıcı oluşturup o kullanıcıyı web server ile aynı gruba atamalı ve tüm işlemleri o kullanıcı ile yapmalısınız. Önce kullanıcı olayını halledin, sonra baştan kurun, klasörlerde xx7 şeklinde yazma izni (string olarak sonu -x ile bitmeli, rwxr-xr-x gibi. Sonu wx ile biterse sizi sonra üzebilirler) ve root şeklinde kullanıcı olmadığından emin olun. Plesk kullanmadığım için aklıma başka bir şey gelmiyor. Normalde WHM/cPanel olan sistemlerde klasörler 755, dosyalar 644 olur.
Bir de klon alararak bu işlemi yaptıysanız klon aldığınız dizinde SSH ile umask 022 çalıştırın, yani şöyle:
$ umask 022
$ git clone git@github.com:yalcinsahin/projem.git .
gibi.
Eklemeyi unutmuşum. SSH ile de o yeni kullanıcı ile giriş yapıp işlemleri yapacaksınız. root kullanıcısını sadece yeni kullanıcıyı oluşturmak için kullanın.