Bütün işlemleri controller içinde yapmıyorsunuz. İşlemleri yapılarına ve ihtiyaca göre parçalara bölüyorsunuz (service, provider, request, middleware, command, event, repository...ki bunlar da kendi içerisinde parçalara bölünür) sonra en genel mantığı controller içerisinde birleştiriyorsunuz.
Şimdi business logic diye bir kavram var. Bu sizin projenizin işleyişi, sizin yaklaşımınız. Bir de Laravel'in kendi yapısı var, o gördüğünüz mevcut klasörler. Çoğu kişi bu ikisini birbirinden ayırıp kendi klasör yapısını oluşturuyor. Projesiyle ilgili model, repository, composers... gibi kısımları app içerisinde ayrı klasör altında topluyorlar, ilk yaptıkları şeylerden biri de Models klasörünü silmek. Models klasörü bunun için kaldırıldı.
Auth, Laravel'in kullanıcı doğrulama için barındırdığı hazır çözüm. User ise users tablosunun modeli. Her ikisini de kullanmak zorunda değilsiniz fakat şunu unutmayın frameworkün nimetlerinden uzaklaştıkça framework kullanmanın da bir anlamı kalmıyor.
Bazı şeyler kafanızda tam olarak netleşmediği için kontrolün sizde olduğunu hissedemiyorsunuz, o yüzden soğuduğunuzu hissediyorsunuz. Bunları hepimiz yaşadık, yaşamaya da devam ediyoruz. Normaldir. Hakimiyetiniz, bilginiz arttıkça ısınacaksınız, hoşunuza gitmeye başlayacak, bir iki de güzel iş yapıp yeni şeyler öğrenince keşke daha önce öğrenseydim diyeceksiniz, son aşama olarak da foruma gelip frameworkü eleştireceksiniz, yok şu daha hızlı, yok bu daha iyi, ben artık bunu kullanıyorum, eskiden iyiydi şimdi bozdu filan